Ο Εμμ. Κριαράς διετέλεσε μέλος του πρώτου Διοικητικού Συμβουλίου του Ινστιτούτου Νεοελληνικών Σπουδών (Ιδρύματος Μ. Τριανταφυλλίδη) από το 1959 έως το 1969, επιλεγμένος για τη θέση αυτή από τον ίδιο τον ιδρυτή του. Μαζί με τους Ν. Ανδριώτη, Ι. Θ. Κακριδή, Στ. Καψωμένο, Λ. Πολίτη, Αγ. Τσοπανάκη και Χ. Φραγκίστα, καθόρισε τη φυσιογνωμία του Ιδρύματος τα πρώτα χρόνια μετά την ίδρυσή του και συνέβαλε στην εδραίωση του ιστορικού του ρόλου στα ερευνητικά και εκπαιδευτικά πράγματα της χώρας, έχοντας μάλιστα από το 1959 έως το 1963 το αξίωμα του Γενικού Γραμματέα.
Το 1969, ένα χρόνο αφού η χούντα τον απέλυσε από το Πανεπιστήμιο, ο Εμμ. Κριαράς υπέβαλε την παραίτησή του από το Δ.Σ. του Ινστιτούτου, για πρώτη φορά στις 25 Ιανουαρίου. Τα υπόλοιπα μέλη δεν την έκαναν δεκτή, παρά μόνο ύστερα από δική του επιμονή (επανήλθε την 1η Ιουλίου 1969), στις 4 Αυγούστου 1969, όταν αντιλήφθηκαν τους βαθιά ανθρώπινους λόγους που τον ανάγκαζαν να επιμένει – ο ίδιος αργότερα μετάνιωσε για την ενέργειά του αυτή: “Μερικούς μήνες μετά την απόλυσή μου από τη χούντα αρχίζω να μην αισθάνομαι ευχάριστα στις συνεδρίες του Ιδρύματος Τριανταφυλλίδη. Αντίθετα από τα άλλα μέλη του Συμβουλίου, εγώ είχα στερηθεί το δικαίωμα και την υποχρέωση της διδασκαλίας. Η στέρηση αυτή ψυχολογικά δε μου ήταν ευχάριστη. Εκείνοι πήγαιναν στα μαθήματά τους, εγώ πήγαινα στο σπίτι. Για το λόγο αυτό αποφάσισα, ύστερα από σκέψη που δεν ήταν ώριμη, να αποσυρθώ, παραιτούμενος από το Ίδρυμα. Ήταν ασφαλώς διάβημα που ποτέ δεν το είχα φανταστεί, να παραιτηθώ εγώ από το Ίδρυμα Τριανταφυλλίδη. Προσπάθησαν να με μεταπείσουν, δεν το μπόρεσαν. Μετά κάποιο χρονικό διάστημα βρέθηκα μετανιωμένος, ήταν αργά.” (Εμμ. Κριαράς, Χαιρετισμός στην εκδήλωση με την ευκαιρία της συμπλήρωσης 50 χρόνων από την Ίδρυση του Ινστιτούτου, Αίθουσα Τελετών Παλαιού Κτιρίου Φιλοσοφικής Σχολής, 21 Νοεμβρίου 2009, Θεσσαλονίκη, βλ. και Εμμ. Κριαράς, “Μανόλης Τριανταφυλλίδης”, Ερευνητικά, Θεσσαλονίκη, Ινστιτούτο Νεοελληνικών Σπουδών, 2005, σ. 218).
Η σχέση του Εμμ. Κριαρά με το Ίδρυμα δεν σταμάτησε, βέβαια, ποτέ. Το Ινστιτούτο, ακόμη και με τα πενιχρά του οικονομικά μέσα, ενίσχυσε κατά καιρούς τον Εμμ. Κριαρά στη σύνταξη του Λεξικού της μεσαιωνικής ελληνικής δημώδους γραμματείας (1100-1669) (βλ. τα Προλεγόμενα στους τ. Δ´, σ. ι´, Ε´, σ. θ´, Ζ´, σ. ια´, Η´, σ. ια´) αλλά και ο ίδιος ο Εμμ. Κριαράς επέλεξε το Ίδρυμα για μια γενναιόδωρη προσφορά 20.000 ευρώ στη μνήμη της συζύγου του Αικατερίνης Στριφτού-Κριαρά (1906-2000), με την ευκαιρία της συμπλήρωσης τριών χρόνων από τον θάνατό της, το 2003. Ακόμη, την τελευταία δεκαετία της ζωής του μεγάλου φιλολόγου, το Ινστιτούτο εξέδωσε σημαντικά έργα του: Ανιχνεύσεις (2004), Ερευνητικά (2005), Αλληλογραφία (2007), και, μόλις δύο χρόνια πριν τον θάνατό του, το Ανακάλημα της Κωνσταντινόπολης (2012).